1 與化肥相比：
1） 生物有機肥營養元素齊全；化肥營養元素隻有一種或幾種。
2） 生物有機肥能夠改良土壤；化肥經常使用會造成土壤闆結。
3） 生物有機肥能提高産品品質；化肥施用過多導緻産品品質低劣。
4） 生物有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發生病蟲害。
5） 生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養分的固定和流失。
2 與精制相比:
精制有機肥是畜禽糞便經過烘幹、粉碎後包裝出售的商品有機肥。
1）生物有機肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機肥未經腐熟，直接使用後在土壤裡腐熟，會引起燒苗現象。
2）生物有機肥經高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發生；精制有機肥未經腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。
3）生物有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應，減少病害發生；精制有機肥由于高溫烘幹，殺死了裡面的全部微生物。
4）生物有機肥養分含量高；精制有機肥由于高溫處理，造成了養分損失。
5）生物有機肥經除臭，氣味輕，幾乎無臭；精制有機肥未經除臭，返潮即出現惡臭。
3 與農家肥：
區别：
1）生物有機肥完全腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上；農家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。
2）生物有機肥無臭；農家肥有惡臭。
3）生物有機肥施用方便，均勻；農家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4 與生物菌肥：
區别：
1）生物有機肥價格便宜，每噸在千元左右；生物菌劑價格昂貴，每噸幾千元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥隻含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤後容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤環境。
1） 生物有機肥營養元素齊全；化肥營養元素隻有一種或幾種。
2） 生物有機肥能夠改良土壤；化肥經常使用會造成土壤闆結。
3） 生物有機肥能提高産品品質；化肥施用過多導緻産品品質低劣。
4） 生物有機肥能改善作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發生病蟲害。
5） 生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養分的固定和流失。
2 與精制相比:
精制有機肥是畜禽糞便經過烘幹、粉碎後包裝出售的商品有機肥。
1）生物有機肥完全腐熟，不燒根，不爛苗；精制有機肥未經腐熟，直接使用後在土壤裡腐熟，會引起燒苗現象。
2）生物有機肥經高溫腐熟，殺死了大部分病原菌和蟲卵，減少病蟲害發生；精制有機肥未經腐熟，在土壤中腐熟時會引來地下害蟲。
3）生物有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應，減少病害發生；精制有機肥由于高溫烘幹，殺死了裡面的全部微生物。
4）生物有機肥養分含量高；精制有機肥由于高溫處理，造成了養分損失。
5）生物有機肥經除臭，氣味輕，幾乎無臭；精制有機肥未經除臭，返潮即出現惡臭。
3 與農家肥：
區别：
1）生物有機肥完全腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上；農家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。
2）生物有機肥無臭；農家肥有惡臭。
3）生物有機肥施用方便，均勻；農家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4 與生物菌肥：
區别：
1）生物有機肥價格便宜，每噸在千元左右；生物菌劑價格昂貴，每噸幾千元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥隻含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤後容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤環境。